北京国安的标志色为绿色，这一颜色最早在1995年被确定。在此之前，北京国安及原北京足球队的队服标志色为主场白色，客场红色。并有人认为中国国家队的标志色就是来自于原来的北京队。
2003年，由于北京现代赞助国安队的缘故，曾有消息传出北京国安队主场球衣将更换为现代的企业色蓝色，而且国安队在年初访问韩国时确实穿着蓝色球衣出战；2006年，由于北京国安和西班牙皇家马德里的合作，也有消息说北京国安主场球衣将更换为皇家马德里的白色。但是以上行为均遭到北京球迷的强烈抵制，有人在网上发动签名，有人到俱乐部所在地递交请愿信。最终03年国安队依旧穿着绿色球衣征战甲A；而第二次球衣更换风波，则以该赛季国安主场穿绿客场穿白而告终（在此之前国安队无论主场客场均穿绿）。
