MD魂斗罗流程：
1、第一关底选择追赶乔(被诱饵引诱)，公路大战后，攻入实验室选拒绝投降，打败教授和怪物，实验室失控，打败异形老巢心脏，哈姆巴特逃走，战士在夕阳下看着BOSS他逃走结局不完美
2、第一关底选择追赶乔(被诱饵引诱)，杀了他，公路大战后，攻入实验室选投降，(哈姆巴特将计划完全到位了)被押送到哈姆巴特宇宙基地，逃出他自爆的基地，进入宇宙基地电梯，电梯里干掉机械体里的教授，电梯升到宇宙空间站，打败哈姆巴特的对准地球的宇宙空间异性细胞大炮，宇宙基地毁灭，战士同归于尽，英雄形象在地球空间中现象久久不散，这结局最雄壮-可歌可泣，但是坏结局
3、第一关底选择支援实验室(不追赶乔)，攻入基地实验室后，选拒绝投降，打败教授和怪物，大警官告诉你探明敌人大本营，要从海路攻入，从汽艇上攻入打败“变形金刚”怪物，攻入哈姆巴特大本营，哈姆巴特利诱你和他一起来干吧?选择同意，主角就和他同流合污，独裁者产生，人类又进入漫长黑暗时代，最坏的结局……无语
4、第一关底选择支援实验室(不追赶乔)，攻入基地实验室后，选拒绝投降，打败教授和怪物，大警官告诉你探明敌人大本营，要从海路攻入，从汽艇上攻入打败“变形金刚”怪物，攻入哈姆巴特大本营，哈姆巴特利诱你和他一起来干吧?选择不同意，就同 拿机械手钳子的“物理战士”哈姆巴特大战，打败他后他就把充满异形细胞的超巨大火箭发射到太空要扩散毁灭地球，就在云朵间大火箭上大战，打败拿枪骚扰的乔，到火箭顶步，消灭异形总怪物，大火箭爆炸，被空警飞机接住，在指导和自己理智下完美完成任务，没多杀人，弄掉异形细胞，又挖掘并控制住哈姆巴特总部，这是最完美的壮丽结局，最后飞机上主角翘起大拇指，空中显出GOOD JOB一行字体……(先理智不受诱饵不去追乔，不让敌人有时间研究，在教授要你投降就不投降，干了教授和怪物合体，弄掉敌人的智慧部分，最后控制了一切所以最完美)
5、第一关底选择支援实验室(不追赶乔)，攻入基地实验室后，选投降，被押解在一列军用火车上，乔出现为了和你过战斗的瘾，把枪还给你，打败大机器人，提前攻入另外个基地(使得他没时间把器材放入宇宙基地)，哈姆巴特要你顶楼等他，在一个房间干掉机械“蜘蛛”里的乔，乔被老板灭口，和被哈姆巴特变成吐丝虫的教授，来到顶层，哈姆巴特和异形细胞结合成“异形怪物”大猩猩，失控后再打败异形心脏，主角看着--基地爆炸后，骑着鸟形摩托车“凯旋”，但这个不完美，因为基地爆炸无辜死人，大本营没发现，细胞没毁尽，大警官不知情，独自投降，靠第一次不追乔不杀他的运气逃出没送到宇宙基地，运气获胜而已
6、这个结局我还没弄清楚是怎么进入的，从时空裂缝进入后，打败Q版科拿美的怪物，最后在原始社会和原始人结婚，回不来了，搞笑结局，哈哈…… 所以说世嘉MD的魂斗罗是里程碑式的游戏，不知道的还抱着红白机魂斗罗不放的去玩玩吧，呵呵，要知道这世界变化有多大了