Cydia创办人saurik日前在Twitter上宣布，Cydia已经更新底层库MobileSubstrate至0.9.3995版本，以修复一些兼容性问题。Saurik表示，目前MobileSubstrate是0.9.3993版本的用户，在升级0.9.3994版本时，会出现错误提示。这些用户只需要点击“Ignore”忽略错误，打开Cydia，搜索MobileSubstrate 0.9.3995版本更新即可。
在iOS5.0.1的完美越狱出现后，由于与Cydia的软件库冲突，很多设备（特别是中文设备），出现添加源后Cydia跳出，Cydia更新失败等故障。目前红雪Redsn0w越狱开发小组iPhone-Dev Team和Cydia双方，都在努力修复这些错误。