封神榜故事的一千五百年前，九黎族的蚩尤与轩辕黄帝争霸，女娲与三清(元始天尊、太上老君、通天教主)联手辅佐黄帝，将蚩尤杀死，九黎全族被流放入异空间——九黎妖界。
一百年后，蚩尤的怨气冲破九黎妖界的封印，化为魔神爬上不周山，妖界封印岌岌可危。危急关头，女娲自我牺牲，用九天息壤铸成封神鼎，将魔神蚩尤彻底封入不周山的封神台下。
又过去八百年，阐教和截教的教主因为鸿钧祖师留下的掌教信物「太极符印」一事交恶。漏网的九黎妖女·九尾狐潜入截教，暗中挑唆截教与阐教的关系，经历种种因果，终于导致两教兵戎相见。三界陷入混乱，万仙混战不已，史称「万仙之劫」。
经过漫长的战争，截教的通天教主决定广收妖魔精怪进入门下，一举扭转了劣势。通天教主亲率十万妖仙，将阐教的最后圣地不周山·封神台团团围住，试图逼迫元始天尊交出「太极符印」，进而统一仙界。
元始天尊与通天教主在封神台大打出手，在九尾狐的暗中操弄下，二位教主不慎击碎了不周山上空的封神鼎。一时封神鼎四分五裂，残片坠入人间。魔神封印失效，群妖乱入人间。天地间霎时风云变色，魔神蚩尤复苏，从不周山深渊中爬出。
元始天尊与通天教主发现真相，率领众仙临时联手共抗蚩尤。不料蚩尤妖力冲天，瞬间击倒众仙。除了两位教主之外，所有仙人都被蚩尤妖气重伤，削去三花五气，沦为废人。
危急关头，女娲的魂魄复苏，出现在不周山的天际。女娲再次自我牺牲，用大封印之术将自身与蚩尤一起封印在不周山深渊之中……
通天教主和元始天尊悔恨不已，在太上老君的调解下各自率领残存的弟子回到洞府，阐教居名山，截教归海外，各自修行忏悔，不再争战。
几十年后，劫数再临人间，天象发生异变，元始天尊和通天教主同时发现天际出现了蚩尤旗妖星。蚩尤旗妖星的再临，意味着新一轮的乾坤天劫将要再次降临，三界生灵面临灭顶之灾。
三清教主秘密聚会于不周山之颠，发现原本被封印沉睡的蚩尤魂魄有复苏的倾向。为了拯救三界生灵，三位教主决定再度联手，各派门人下界，寻找当年散落人间的封神鼎碎片。待到碎片重新聚齐之日，再由三位教主合力将其重铸为封神榜，用来重新封印九黎妖界。
三教达成协议后，元始天尊回到玉虚宫，将封神鼎的秘密告诉末席弟子姜子牙，密令其下山调查封神残片的下落。然而这一切却没能瞒过另一名天资极高的弟子·申公豹。几天后，姜子牙和申公豹双手不告而别，从此下落不明。
与此同时，逃入人间的九尾狐附身于美女妲己的身上，进入宫廷迷惑人间的统治者商王帝辛(纣王)，利用帝辛的权力滥杀无辜，虐残万民，并派出各路妖魔和将领到天下各地收集封神鼎残片，试图抢先铸起逆·封神榜，将九黎妖界的封印彻底破坏，让蚩尤重临三界。
朝歌的名将·闻仲和黄飞虎表面上臣服于妲己的淫威之下，暗地里正在联合西伯侯·姬昌、丞相比干等正直之士，为了人类的存续而收集封神残片，试图用上古神器的力量直接推翻妖魔的统治，进而让帝辛恢复贤明的统治。
另一方面，西伯侯·姬昌在中原西陲的岐山崛起，在贤子伯邑考和姬昌的辅助下苦心经营，渐成气象，准备随时取代殷商的统治而君临天下。这一些都源于姬昌曾祖·古公亶父的一个预言：当凤鸣岐山的瑞相出现之时，就是周人取代殷人统治天下之日。
光阴荏苒，某个普通的午后，阐教十二金仙·黄龙真人门下的弟子(主角)作了一个奇怪的梦，梦中群仙与蚩尤恶斗，创世神女娲嘱咐自己要拯救三界…