公元2642年，一个正在建设的超级电磁武器网络发生故障并且爆炸，造成了全球性的毁灭性事故，80%的地球人口丧生。大量调查的结果发现这次事故并不是以外，而是我们的异型战争英雄Bill一手策划的。该调查报告同时也指出Bill的前战友兰斯（Lance）为了阻止Bill的恶行，被比尔（Bill）亲手杀害了， Bill被判了1万年 (冷冻服刑...)。
公元2647年，一个叫做血隼的高度军事化的组织开始发动了很多无目标的暴力破坏行动，而动机却不得而知。由于该组织有非常尖端的科技和生化武器，让人不由得不想起了多年前给人类带来梦魇的异型和红隼集团。
官方罩不住这个组织，便派遣当年被曼德拉博士策划制造的生化士兵露西亚(Lucia)，(在博士死亡以后被政【咳咳咳咳咳】府接管该计划，政【咳咳咳咳咳】府觉得这个方案很不错，决定完成Lucia, 不过这次不是用来从事邪恶的目的)。露西亚（Lucia）被政【咳咳咳咳咳】府指派提前9995年出放出Bill, 并作为其搭档, 以毒攻毒，以暴制暴消灭血隼集团。
然而事情的发展却出乎了大家的意料...发现原来5年前兰斯是被搞死的，比尔（Bill）也是被陷害的，而原因居然是以前所有的魂斗罗战争都是不正义的，所谓的异型，都是被地球人拿走了Relic过来讨公道的高级文明遗留下来保留Relic的守卫，兰斯（Lance）为了让这个秘密不被掩埋植入了异型存活了下来，并且正是血隼的领导人......