九阴真经手游新门派神水宫的出现绝非偶然，据说神水宫和峨眉、华山都有很深的渊源。七年前，神水宫菱水仙子十月奉宫主水母阴姬之命，出世调查天一神水被盗一事，中遇险阻，幸得两位峨眉派弟子援助，成功寻获幕后黑手。双方一见如故，在长白山切磋比武，结下深厚情谊。
这两位峨眉派弟子正是当时峨眉派的传奇人物——飞弦羽经创始人，后来一度嫁入皇家的杜茗雪，以及魏国公幺女，霓裳动创始人徐妙真。事过境迁，杜茗雪早已离开皇宫不知去向，徐妙真亦为助千情公子疗伤远走大漠。然而神水宫在武林之中却依然对峨眉派另眼相看。
与华山派的渊源
华山派现任掌门周逸萧与水玉寒相识于微末，水玉寒在峨眉习武之时，入江湖历练之时无意中与周逸萧结识，后二人结伴而行，情愫渐生。后水玉寒接管神水宫，突然从江湖之中销声匿迹，周逸萧前往峨眉寻访，却被峨眉掌门居之门外。周逸萧却并不死心，三番五次前往峨眉。绝尘师太接任峨眉掌门后，周逸萧有前往乞求。绝尘师太因此事事关重大，也再次将周逸萧拒之门外。
周逸萧就此心灰意冷，机缘巧合却加入了华山派。为忘记水玉寒，周逸萧将自己一身精力全部投入武学之中，于华山派中脱颖而出，最终成为华山派掌门。此间种种水玉寒一清二楚，却又不能向周逸萧言明，只恨造化弄人。
