内容上与GB版的口袋妖怪红基本上没太大差别，画面上游了进一步的提升。下面小编就为大家带来一篇一周目的详细通关流程策略。
一开始给自己(シャア)和对手(アムロ)取名字，之后开始游戏。
从房间出来，走进草地，被博士拦阻，回研究室选宠物(我选小火龙)。要离开是与アムロ对战，两三下KO。离开マサラタウン向上走，到达トキワシティ。到SHOP那东西，之后回研究院，得到新的图鉴!到主角家左边屋子可得地图。的再次来到トキワシティ，到左边与アムロ决斗，之后继续向上走进入トキワのもリ(森林)。(里面有皮卡丘哦!)穿过トキワのもリ来到ニピシティ。和右边的一个人讲话，他会带你到第一个道馆。BOSS小刚有LV10的小拳石和DV14的大岩蛇各一只。用杰尼龟和妙娃种子的同志可以轻松KO，用小火龙的同志建议抓只火暴猴也可轻松POSS。胜利后得到第一个徽章和招数39。之后往右前进，遇到博士的助手，他会给你跑步鞋(按B键走路速度边快)。
继续向右走会来到オツキミやま(山洞)，旁边的中心有人500元出售鲤鱼王(随手买下，方便)。穿过オツキミやま(山洞)后会见到两个空手道的，跟他们对话能习得超强必杀技两个。然后就能到达ハナダシティ。往上的桥走，アムロ又来找碴，大家就看着办吧!继续向上，敌人不少大家要留意。最好来到一间屋子，对话后可得船票。之后就可以挑战第二个道馆了，是小霞的水系道馆， LV18的海星星和LV22的宝石海星，用小火龙的同志要小心了。胜利后得到第二个徽章和招数03。(不拿船票也可以打啦!)原来有人挡着的屋子也可以通过了，通过屋子干掉火箭队的后得招数28。
通过地下隧道来到クチバシティ。在PC中心和旁边的女的对话可得到一道具，在PC旁边的屋子里可得到初级鱼杆。到下面一大屋子里和一老头对话得到一道具，会ハナダシティ的自行车房可换得自行车。向右进入船，有很多东东大家不要放过哦。到船长室前アムロ又出现(还真阴魂不散啊!)，干掉他后进入船长室得到密招机01，装备后道馆前的树就可以切掉了!接着就是挑战第三个道馆电系道馆，BOSS有LV21雷电球、LV18皮卡丘和LV24雷丘个一只，胜利后得到第三个徽章和招数34。在クチバシティ的左边通过草地到达的屋子的二楼可用30个宠物图鉴换得寻宝机;穿过クチバシティ左边的山洞，可在一间比较大的房间用10个宠物图鉴换得密招机05(闪光)。
回到ハナダシティ砍掉右边的树就可以通过了。来到右边的イワヤマトンネル(山洞)里面很暗，要用闪光来照亮道路。通过イワヤマトンネル到达シオンタウン，在シオンタウン的左边有个ポケモンタワー(幽灵塔)，在二楼可以和アムロ单挑，后得知ポケモンタワー要到得到タマムシシティ得到某个道具才能通过。向右走，通过地下隧道来到タマムシシティ。在一栋大厦里能得到伊布和道具“茶”。在下面的一排房子的第一间能进入的房子里得到代币箱，这样就可以在游乐场里玩了，游乐长里隐藏的代币不少。在游乐场里与一火箭队队员战斗后调查他身后的海报，隐藏地道打开，可进入火箭队的地下基地。打败火箭队BOSS后可得到道具，ポケモンタワー的顶层的ガラガラ就会现身。在タマムシシティ还可以挑战第四个道馆，草系道馆BOSS的宠物忘了等级，胜利后得到第四个徽章和招数19。回到シオンタウン并解决ポケモンタワー顶层的火箭队后，和老头对话能得到唤醒卡比兽的笛子。之后就可以向下进军了，记得多带精灵球哦，要收服卡比兽嘛!(不要的同志除外)。如果拿到了探宝器的话，在老头原来站的地方使用一下，能得到一个提高亲密度的铃铛。