口袋病毒(ポケルス、Pokérus)是精灵在成长过程中有低机率感染的特殊状态，处于口袋病毒状态的精灵通过战斗获得的努力值翻倍。口袋病毒首次出现于第二世代，没有副作用。处于口袋病毒的精灵在战斗结束时，获得的努力值翻倍，与矫正背心、力量护腕的效果叠加，计算时先计算道具加成再计算病毒加成，对非通过战斗获得的努力值(如营养药剂、树果、羽毛等)无效。
感染
每场战斗结束后，身上的每只精灵各有3/65536的几率感染口袋病毒。如果一只精灵已经处于口袋病毒状态，战斗结束后有1/3的几率将口袋病毒传染给队伍中与它前后相邻一格的精灵，即使没有出场也可以传染。但是只要前后一格没有感染病毒或者只有免疫的精灵，那么该普通精灵不会被传染到，蛋与普通精灵一样会感染口袋病毒。在金·银·水晶与心金·魂银中，当第一次出现口袋病毒状态时，会收到空木博士的电话，告知口袋病毒没有副作用，并会逐渐消退。在黑2·白2中，当第一次出现口袋病毒状态时，访问精灵中心时会被护士告知。
免疫
口袋病毒持续1到4天，在感染病毒后的4天内的凌晨0点时解除。解除口袋病毒的精灵将出现免疫，免疫病毒后的精灵永久具有所获得努力值翻倍的效果，但不会再次出现口袋病毒，也不会传染给其它精灵。到第三世代为止，口袋病毒免疫状态在精灵资料页面显示为一个黑点，从第四世代开始，显示为一个笑脸，在火红·叶绿等游戏中。由于不存在时间系统，所以口袋病毒不会消失，将精灵存入箱子或饲育屋时，时间暂停计算。
消失
由于第一世代没有口袋病毒设定，在第二世代中，将感染口袋病毒的精灵传入第一世代的游戏后，该精灵的口袋病毒状态会彻底消失。