魔法学徒既然是讲述魔法之间的各种故事的游戏，那么必然是有着与魔法学习的各类的学院的设置的，不同的学院能给予你的魔法知识不同，而你能得到的魔法技能自然就是各异的。此作中有三个这样的学院存在，你可以选择任意一个，去学习自己需要的那些技能。
首先要了解的就是这个宁静学院，里面有很多的科技知识可以让你得到学习，科学与秩序就是战斗的主体，创新性与探索性就从这里展现。
还有就是神圣学院，这里主要给予你世间存在的所有的动能的学习，还有力量，学习后，你就能有着强大的能量，寻找能维护世界的那种法则。
最后当然是这个协同学院，你可以探索人与万物之间的各类关系，感悟自然，得到魔力，顺应自然，找到和谐永存。
只要你选择其中的任何一个学院去学习，都能得到其中对应的技能的。