魔兽小队的最基本的系统应该就是副本系统了，作为游戏的基本副本系统的难度是否设计的足够合理，通关副本后的奖励又是否给力呢。除了基础副本之外还有给玩家提供游戏必须资源的活动副本，活动副本又有哪些，什么时候开启呢。
副本系统
《魔兽小队》拥有庞大的副本体系，数十张原创精美的副本场景，力争还原魔兽大陆的恢宏历史。
在副本中，大家需要根据英雄各自的实力进行合理的编队，运用各种策略技巧，挑战魔兽大陆上的各方怪物头领，挑战隐藏在魔兽故事背后的巫妖王。
1.副本难度
每个副本有若干小据点，只有攻打后小据点后，最后才能挑战最后的boss。
副本据点主要分简单、中等和困难三种难度，简单难度下的怪物最弱小，中等难度下怪物较强，需要较好的装备，困难模式极具挑战性，不但需要有好装备，而且还很考验个人操作。
2.副本宝箱
每当通关一种难度后，可以在当前关卡获得一颗星，当星数达到所需要的数量后，可以在当前的副本宝箱中领取宝箱奖励。宝箱中不仅有大量的金币，而且还拥有珍贵的装备和道具，不容错过。
活动副本
活动副本是灵魂石和金币掉落最多的地方，分为灵魂祭坛和地精金矿，各自的玩法略有不同。
灵魂祭坛每周一、三、五、七开启，通关后可以获得大量灵魂石，需要队伍等级达到18级才可进入。灵魂祭坛分为简单、中等和困难共三种不同难度，开始时，从地图四角的传送门出怪，消灭小怪后，会迎来最终boss，只有击败boss才可以获得灵魂石奖励。
地精金矿每天开启，需要队伍等级达到24级才可进入，根据队伍对金矿造成的伤害，奖励不定数量的金币，总伤害越高，金币奖励越多。
期间还会随机出现携带药水的小矿工，击杀后会给予队伍额外的攻击加成和攻速加成效果。
副本扫荡
副本扫荡可以快速的挑战副本，即时查看挑战结果。但需要队伍等级达到14级，扫荡的副本也需要此前通关成功，副本挑战次数不足时，可以使用时空卷轴补充，每次扫荡结束后需要等1小时才能进行下一次扫荡。