GBA口袋妖怪手游中的探索系统顾名思义的意思就是要玩家们自己去探索和发现，并且系统是不会给你带来任何一点点的提示的。在游戏的前期，探索系统就是会给玩家们带来非常大的帮助，因为玩家一开始什么资源都是没有的，探索系统是会给你一笔资源的。
比如就像下面所示一样，在房子中是有两个箱子的，没有任何系统提升同时也是不会有标记的，这里是需要玩家自行的去寻找。要是发现可以探索的道具的时候，只需要到他的身边就像了，然后点击按钮就是可以打开探索物品，其中游戏中现在可以探索的目标是有3种，分别是银色箱子、蛋状物品和NPC。
